Для отображения в сети Вашего основного сайта (главного домена) создана папка public_html. Рядом находится так называемая папка www, хотя на самом деле это не папка, а всего лишь редирект в папку public_html.
Удаление папки www приведет к неработоспособности Вашего сайта с приставкой www перед доменом. Т.е.:
domen.ru работать будет, а вот www.domen.ru работать НЕ будет.
Удаление папки public_html приведет к полной неработоспособности сайта, даже если Вы оставите "папку" www, т.к. она будет показывать в несуществующую папку public_html. Не нужно этого делать!
