Запустить PHP скрипт можно следующей командой:
/usr/local/bin/php -f /home/user/public_html/cron.php
Где "/home/user/public_html/cron.php" - полный путь до скрипта от корня сервера.
Если это не помогло, просьба создать тикет в техническую поддержку.